Introducción: la formación científico-investigativa de los investigadores clínicos se encamina a la superioridad en su calificación profesional clínica, investigativa y especializada. Donde se materializan las exigencias, objetivos y metas conformes a su pertinencia social e intencionalidad formativa. Objetivo: argumentar la sistematización de la interpretación de los protocolos de ensayo clínico como sistematización formativa en el desarrollo de la formación científico-investigativa del investigador clínico en ejercicio profesional. Desarrollo: La sistematización de la interpretación de los protocolos de ensayo clínico, en la dinámica de este proceso formativo, en su relación con la formación científico-investigativa desde las Buenas Prácticas Clínicas y a partir de una práctica formativa en el ensayo clínico, da significado y sentido al proceso de formación científico-investigativa del investigador clínico y permite una transformación ascendente desde un ejercicio profesional contextualizado. Conclusiones: La sistematización de la interpretación de los protocolos de ensayo clínico por parte de los investigadores clínicos, potencia la educación permanente de estos profesionales de la salud a partir de mediar entre la práctica formativa en el ensayo clínico y el logro de una formación científico-investigativa desde las Buenas Prácticas Clínicas configurándose en el eje dinamizador de este proceso.